依本條例第十八條第三項規定，港區門哨單位應辦理貨物控管事項如下：
一、海運進口貨櫃（物）卸船或由區外進儲自由港區者，港區門哨單位憑運送單，核對海關核發之特別准單訊息或轉運准單訊息，驗明與貨櫃（物）標誌、號碼及封條完整無訛後，辦理貨櫃（物）進區，並傳輸貨櫃動態至貨櫃動態資料庫。
二、空運進口貨物卸機或由區外進儲自由港區者，港區門哨單位憑海關核發之特別准單或轉運准單訊息，驗明運送單與保稅運貨工具或自由貿易港區專用車隊標誌及封條完整無訛後，辦理貨物進區。
三、保稅倉庫、物流中心貨物運入自由港區，港區門哨單位憑運送單核對保稅運貨工具或物流中心自營車隊或契約車隊、自由貿易港區專用車隊標誌及封條完整無訛後進區。
四、科技產業園區、科學園區、農業科技園區、其他自由港區之貨物完成報關放行運入自由港區，港區門哨單位憑運送單核對保稅運貨工具或自由貿易港區專用車隊標誌、封條完整無訛及放行訊息進區；科技產業園區、科學園區、農業科技園區之貨物，得運入自由港區辦理通關，港區門哨單位憑運送單核對無訛後進區。
五、課稅區、自用保稅倉庫、保稅工廠貨物運入自由港區，港區門哨單位憑運送單核對無訛後進區。
六、自由港區出口貨物經由區外裝船（機）出口者，港區門哨單位憑港區貨棧簽發之運送單核對放行訊息出區。
七、自由港區運往其他自由港區、保稅區、課稅區貨物，港區門哨單位憑港區貨棧簽發之運送單核對相關放行訊息出區。
八、自由港區事業貨物因修理、測試、檢驗、委託加工之進出區依第五款及第七款之規定辦理。其他特殊情形之進出區，港區門哨單位憑海關簽發之核准文件辦理。
九、空貨櫃進出自由港區，港區門哨單位憑運送單出進站，並由運送人開啟空貨櫃接受警衛人員檢查。
十、有關貨櫃及貨物進出之動態訊息，港區門哨單位應即時登錄於港區貨物控管系統，並可提供海關線上查核；相關電腦紀錄及單證應保管一年。
十一、自由港區事業按月彙報貨物或機器、設備因急需出區修理者，港區門哨單位憑運送單辦理入出區，其於運抵港區門哨時，經抽驗機制篩選必須抽核者，由門哨人員留置，並通知海關辦理抽核。

港區管理機關配合前項第十一款作業，應提供海關辦理抽核之適當場所、設備，及於電子資料自動比對驗證及傳輸系統上執行線上注檢與列印運送單證、報表等機制設施，以查核貨物運送情形。