依本條例第十七條第二項規定，向海關辦理通關程序如下：
一、自由港區事業貨物輸往課稅區或保稅區，於進儲港區貨棧後，由納稅義務人向海關傳輸報單，依相關輸入規定，完成通關取得放行訊息後，憑以出區，並依國外貨物進口及進儲保稅區相關規定辦理。
二、課稅區輸往自由港區事業之貨物，由貨物輸出人將貨物運入港區貨棧後，向海關傳輸報單，依相關輸出規定，完成通關取得放行訊息後，憑以運入自由港區事業。但貨物輸出人不辦理沖退稅，且貨物符合相關輸出規定者，逕憑發票或載貨單運入自由港區事業；課稅區貨物進儲港區貨棧直接出口者，由貨物輸出人向海關傳輸報單，依相關輸出規定，完成通關取得放行訊息後，憑以裝船（機）出口。
三、保稅區輸往自由港區事業之貨物，由貨物輸出人依保稅貨物相關規定向海關傳輸報單，依相關輸出規定，完成通關取得放行訊息後，憑以運入自由港區事業；保稅區貨物進儲港區貨棧直接出口者，由貨物輸出人依保稅貨物相關規定向海關傳輸報單，依相關輸出規定，完成通關取得放行訊息後，憑以裝船（機）出口。