倉儲業符合下列條件者，得檢具第十一條第一項規定之文件，向海關申請為安全認證優質企業：
一、符合第十條第一項所定條件。
二、依海關管理進出口貨棧辦法、海關管理貨櫃集散站辦法、保稅倉庫設立及管理辦法、物流中心貨物通關辦法申請登記，並經海關核准實施自主管理；依加工出口區保稅業務管理辦法、科學園區保稅業務管理辦法、農業科技園區保稅業務管理辦法或自由貿易港區事業營運管理辦法申請登記或監管。
三、最近三年未因貨物失竊經海關補稅合計新臺幣五十萬元以上。但設置未滿三年者，以實際經營期間認定之。

海關對於安全認證優質企業之倉儲業，得採取下列優惠措施：
一、倉儲業者及運輸業者均屬安全認證優質企業，且事先以書面方式聯名向海關報備者，得逕行於倉儲業者之轉口倉庫辦理海運轉口實貨櫃之加裝、分裝或改裝，或其裝載貨物之重整。
二、倉儲業者屬科學園區事業、加工出口區區內事業、農業科技園區事業及自由貿易港區區內事業者：
（一）其保稅貨品運往區外委託代為修理、檢驗或組裝測試，價值未逾新臺幣一千萬元者，得免繳保證金。
（二）其保稅貨品運往課稅區展示，價值未逾新臺幣一千萬元者，得免繳保證金。
（三）海關得減少赴廠查核帳冊、報表之次數。