參與業者依關務、航港、貿易簽審、檢驗及檢疫等相關規定申請或提出進出口文件，得採與關港貿單一窗口電腦連線或電子資料傳輸方式辦理。但以電子資料傳輸方式辦理者，於關港貿單一窗口營運初期階段，應透過通關網路與關港貿單一窗口連線。

前項關港貿單一窗口營運初期階段期間，由財政部公告，並刊登政府公報。