海運快遞業者對於不符合海運快遞貨物條件之貨物，違反第三條第二項規定，在專區辦理通關者，由海關依關稅法第八十七條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下海運快遞貨物通關之業務或廢止其登記。