跨行金融資訊網路事業應建立自行查核制度。各營業、財務、資產保管及資訊單位應每半年至少辦理一次一般自行查核，每月至少辦理一次專案自行查核。但已辦理一般自行查核、內部稽核單位已辦理一般業務查核、金融檢查機關已辦理一般業務檢查之月份，該月得免辦理專案自行查核。

跨行金融資訊網路事業對金融檢查機關、內部稽核單位與內部單位自行查核所提列檢查意見或查核缺失，應持續追蹤覆查，並將其追蹤考核改善情形，以書面提報董事會及交付監察人，並列為對各單位獎懲及績效考核之重要項目。