內部控制之基本目的在於促進專營電子支付機構健全經營，並應由其董事會、管理階層及所有從業人員共同遵行，以合理確保達成下列目標：
一、營運之效果及效率。
二、報導具可靠性、及時性、透明性及符合相關規範。
三、相關法令規章之遵循。

前項第一款所稱營運之效果及效率目標，包括獲利、績效及保障資產安全等目標。

第一項第二款所稱之報導包括專營電子支付機構內部與外部財務報導及非財務報導。其中外部財務報導之目標包括確保對外之財務報表係依照一般公認會計原則編製，交易經適當核准等目標。