專營電子支付機構應建立自行查核制度。各業務、財務、資產保管及資訊單位應每半年至少辦理一次一般自行查核及一次專案自行查核。

各單位辦理前項之自行查核，應由該單位主管指定非原經辦人員辦理並事先保密。

第一項自行查核報告應作成工作底稿，併同自行查核報告及相關資料至少留存五年備查。

內部稽核單位對金融檢查機關、會計師、內部稽核單位（含母公司內部稽核單位）與內部單位自行查核所提列檢查意見或查核缺失及內部控制制度聲明書所列應加強辦理改善事項，應持續追蹤覆查，並將其追蹤考核改善情形，以書面提報董事會及交付監察人或審計委員會，並列為對各單位獎懲及績效考核之重要項目。

專營電子支付機構總經理應督導各單位審慎評估及檢討內部控制制度執行情形，由董事長、總經理、稽核主管及法令遵循主管聯名出具內部控制制度聲明書（附表），並提報董事會通過，於每會計年度終了後三個月內將內部控制制度聲明書內容揭露於專營電子支付機構網站，並於主管機關指定網站辦理申報。