專營電子支付機構年度財務報表由會計師辦理查核簽證時，應委託會計師辦理內部控制制度之查核，並對專營電子支付機構申報主管機關表報資料正確性、內部控制制度及法令遵循制度執行情形之妥適性表示意見。

主管機關得請專營電子支付機構委託會計師依主管機關規定辦理個人資料保護與防制洗錢及打擊資恐機制專案查核。

會計師之查核費用由專營電子支付機構及會計師自行議定，並由專營電子支付機構負擔會計師之查核費用。

主管機關於必要時，得邀集專營電子支付機構及其委託之會計師就前條委託辦理查核相關事宜進行討論，主管機關若發現專營電子支付機構委託之會計師有未足以勝任委託查核工作之情事者，得令專營電子支付機構更換委託查核會計師重新辦理查核工作。

會計師辦理第二十七條規定之查核時，若遇受查專營電子支付機構有下列情況應立即通報主管機關：
一、查核過程中，未提供會計師所需要之報表、憑證、帳冊及會議紀錄或對會計師之詢問事項拒絕提出說明，或受其他客觀環境限制，致使會計師無法繼續辦理查核工作。
二、在會計或其他紀錄有虛偽、造假或缺漏，情節重大者。
三、資產不足以抵償負債或財務狀況顯著惡化。
四、有證據顯示交易對淨資產有重大減損之虞。

受查專營電子支付機構有前項第二款至第四款情事者，會計師並應就查核結果先行向主管機關提出摘要報告。

專營電子支付機構委託會計師辦理第二十七條規定之查核，應於每年四月底前出具上一年度會計師查核報告報主管機關備查，其查核報告至少應說明查核之範圍、依據、查核程序及查核結果。

主管機關對於查核報告之內容提出詢問時，會計師應詳實提供相關資料及說明。