保護機構為利業務之推動，應設置保護基金；保護基金除第七條第二項之捐助財產外，其來源如下：
一、各證券商應於每月十日前按其前月份受託買賣有價證券成交金額之萬分之零點零二八五提撥之款項。
二、各期貨商應於每月十日前按其前月份受託買賣成交契約數各提撥新臺幣一點八八元之款項。
三、證券交易所、期貨交易所及櫃檯買賣中心應於每月十日前按其前月份經手費收入之百分之五提撥之款項。
四、保護基金之孳息及運用收益。
五、國內外公司機關（構）、團體或個人捐贈之財產。

前項第一款至第三款之提撥比率或金額，主管機關得視市場狀況或個別證券商或期貨商之財務業務狀況及風險控管績效調整之。但增加之比率或金額以百分之五十為上限。

保護基金淨額超過新臺幣五十億元時，主管機關得命令暫時停止提撥已提撥超過十年之證券商、期貨商第一項第一款及第二款之款項。

保護基金不足以支應第二十條第一項規定之用途時，保護機構得經主管機關核准後，向金融機構借款。

未依第一項前三款規定繳納提撥款者，保護機構得報請主管機關命其限期繳納；屆期仍未繳納者，主管機關並得依法移送強制執行。