會計師查核簽證財務報表，應先就財務報表所列各科目餘額與總分類帳逐筆核對，總分類帳並應與明細帳或明細表總額核對相符後，再依下列程序查核：
一、現金及約當現金：
（一）評估現金之內部控制制度，並抽盤庫存現金，如盤點日非為資產負債表日者，則應調節是否相符。
（二）庫存現金及零用金應查明有無現金以外之項目，如員工借條、未兌現支票及未報銷單據等，必要時，須作妥適之調整。
（三）查明零用金及週轉金撥領報支情形及餘額，核對未報銷之單據及作必要之調整。
（四）就銀行對帳單與帳列金額核對，如有差異，應取得受查者編製之銀行存款調節表，並就調節項目予以抽查，且依審計準則505號規定向銀行發函詢證。
（五）以現金簿與送金簿存根及支票存根抽查核對，注意有無開出支票供他人或關係企業使用而未入帳情事，有則應調整入帳或予列註。
（六）已指定用途或受有約束之銀行存款，應查明是否已列註或轉列適當科目。
（七）盤點定期存單，並查核應收利息估列情形，如寄存在外者，應瞭解其原因及核對保管條。
（八）定期存單如有提供擔保或質借者，應查明是否依所定背書保證作業程序辦理。
（九）因增資而致銀行存款增加時，應查明來源及其運用情形，有無虛增虛減現象。
（十）資產負債表日倘有已到期未存入銀行之應收票據，應查明是否已於次期初即存入銀行。同時注意其所以未能存入銀行之原因。
二、透過損益按公允價值衡量之金融資產、透過其他綜合損益按公允價值衡量之金融資產、按攤銷後成本衡量之金融資產、避險之金融資產及其他等金融資產（以下簡稱金融資產）：
（一）評估內部控制制度，核對其交易紀錄及有關憑證，以確定其歸類、計算及紀錄之可靠性。
（二）核閱董事會或權責單位之會議紀錄，查明交易是否經適當授權及是否有未入帳之交易。
（三）取具並覆核相關契約及書面文件，以確認會計處理之適當性。
（四）會同保管人員實地盤點庫存證券或核對有價證券集中保管存摺，並與帳冊核對，以確認其所有權及流動性，如寄存在外者，應瞭解其原因並核對保管條。
（五）提供擔保或質借之證券應予以函證或核對保管條，並應查明是否依所定背書保證作業程序辦理。
（六）查明其重分類及會計處理是否適當。
（七）查明預期信用損失金額之認列、衡量及於財務報表之表達及揭露是否適當。
（八）金額重大或投資標的性質特殊者，應了解交易之性質、有無異常並為適當之處理。
（九）查有為債務之保證或其他用途者，應查明是否已列註或轉列適當科目。
（十）查明股利或利息收入列帳之適當性。
三、合約資產、應收票據與應收帳款及營業收入：
（一）評估營業收入之內部控制制度，核對其交易紀錄及有關憑證，以確定收入紀錄之可靠性，並將本期新增銷貨客戶屬關係人且交易金額重大者，或本期新增為前十名銷貨客戶者納入查核樣本，並瞭解本期新增為前十名銷貨客戶之交易性質及合理性，以及與本期新增為前十名進貨廠商間是否具關聯性，以瞭解其交易有無異常。評估受查者內部控制後，如發現存有顯著缺失，應查明缺失之原因及合理性，並決定是否執行額外之查核程序。
（二）除與上期金額作比較分析外，合約資產、應收帳款及應收票據成長率並應與同期間營業收入成長率相比較，以視其變動趨勢是否合理，其有重大變動者，應查明並分析其原因。
（三）有代銷、經銷或其他特殊銷售型態者，查明其帳務記載是否與合約規定相符。
（四）查明收入之認列、衡量、表達及揭露是否適當。採總額認列收入者，應查明是否依規定辦理。
（五）依審計準則505號規定，向債務人發函詢證。
（六）已提供擔保之應收票據，應向質權人發函詢證，並查明是否已予列註。
（七）查明重大應收帳款之沖轉對象與銷售對象是否相符，如發現有不符情事，應瞭解其原因及合理性。
（八）會同盤點庫存票據，如由他人持有或交銀行託收者，應向持有人函證或查核銀行託收之憑證。盤點日如非資產負債表日，應調節其差異。
（九）查有向他人換票情事時，應予列註或轉列適當科目。
（十）取得帳齡分析表分析帳款之帳齡並查明應收票據及帳款之期後收回情形，如有到期未收回者，應查明已否作適當處理。
四、其他應收款項：
（一）注意各項其他應收款項之性質，其非屬於流動資產者，應查明已否轉列適當科目。
（二）金額重大或性質特殊者，應發函詢證並查明期後收回情形。但期後已完全收回並已核對原始憑證及執行其他替代性查核程序者，得不發函詢證。
（三）屬資金融通性質者，應查明是否符合法令規定及所定作業程序，並於財務報表適當揭露資金融通內容。
（四）查明備抵損失之認列、衡量及沖銷是否適當。
（五）查明其他應收款項中金額重大者，已否單獨列示。
（六）外幣計價之其他應收款，應查明已否依資產負債表日之即期匯率調整。
五、存貨及營業成本：
（一）評估營業成本之內部控制制度，核對其交易紀錄及有關憑證，以確定營業成本之歸類、計算及紀錄之可靠性，並將本期新增進貨廠商屬關係人且交易金額重大者，或本期新增為前十名進貨廠商者納入查核樣本，並瞭解本期新增為前十名進貨廠商之交易性質及合理性，以及與本期新增為前十名銷貨客戶間是否具關聯性，以瞭解其交易有無異常。評估受查者內部控制後，如發現存有顯著缺失，應查明缺失之原因及合理性，並決定是否執行額外之查核程序。
（二）與上期金額作比較分析，以視其變動趨勢是否合理，其有重大變動者，應查明並分析其原因。
（三）查明存貨入帳基礎及計算方法，並注意其是否與上期一致，如有變更，查明是否合理，並已否作適當之處理。
（四）參與受查者實體存貨盤點之相關查核程序，應依審計準則501號規定辦理。
（五）核對盤點情形及抽點結果與盤存彙總表及帳列。存貨帳列數與實地盤點數如有重大差異時，應查明其原因。
（六）盤點時若有他人寄售或寄放之存貨，應確定其業已分別存放標示，並取得該等存貨之規格、數量等有關資料，以確定該等存貨未包括於受查者之存貨內。
（七）選定資產負債表日前後一段期間核對各項憑證，以確定營業成本已為適當之截止。
（八）銷貨成本中，如有外銷沖退關稅或貨物稅等情事，查明其會計處理是否適當。
（九）查明存貨有無提供質押保證或信託占有等情事，有則查明已否列註。
（十）查明損壞、變質或歷久滯銷等之存貨是否已按淨變現價值與成本孰低法評價。
六、預付款項：
（一）預付款項應轉作費用或其他適當科目者，查明已否轉列及其金額是否相符，如轉列其他應收款者，應查明相關備抵損失認列是否適足。
（二）查明重大預付款項之原因、期間及性質，並瞭解其合理性。
（三）查明預付款項是否具有契約關係及其契約內容與對方履行契約義務之程度，金額重大或性質特殊者，並向對方發函詢證。
（四）查明資產負債表日前後一段期間暫付性質之款項有無重大沖轉情形，如有，應瞭解其原因及合理性。
七、其他流動資產：查明其性質，並瞭解其歸類及會計處理是否適當；性質特殊者，是否已於附註詳予說明。
八、基金、子公司及採權益法之投資：
（一）評估子公司及採權益法之投資之內部控制制度，核對其交易紀錄及有關憑證，以確定其會計紀錄之可靠性。
（二）查明各項基金提存之依據及已否列註。
（三）會同保管人員實地盤點子公司及採權益法之投資所取得之證券及有關憑證，如寄存在外者，應瞭解其原因且發函詢證，並核對保管條或採取其他必要查核程序，以確認其所有權。
（四）查明採權益法之投資之入帳基礎及其分類是否適當。
（五）子公司或採權益法之投資如有提供擔保、質押或受有約束、限制等情事，應查明已否列註，並查明是否依所定背書保證作業程序辦理。
（六）對合資權益及有重大影響力之投資，查明已否按權益法評價；查明受查者對該轉投資事業或關係人是否具實質控制能力，如有，應查明是否已依規定編製合併報表。
（七）子公司及採權益法之投資有股權變動者，查明其會計處理是否適當。
（八）屬待出售處分群組之會計處理是否適當。
（九）查明子公司、採用權益法之投資認列損益份額時，應瞭解重要子公司財務報表重大事項對受查者財務報表之影響，及依審計準則320號規定判斷關聯企業對受查者財務報告公允表達影響重大者，應查明關聯企業財務報告是否依照本規則與審計準則之規定辦理。
（十）查明集團間未實現損益是否已予銷除。
九、不動產、廠房及設備、使用權資產、投資性不動產、無形資產及生物資產：
（一）查明不動產、廠房及設備之產權是否為受查者所有，必要時，實地觀察或會同盤點具有代表性之不動產、廠房及設備；如因受法令限制致暫時無法以受查者名義登記產權時，應查明是否具有保全措施，並於附註作適當說明。
（二）查明不動產、廠房及設備中有無非供營業使用者，如有，應按其性質轉列適當科目。
（三）查明不動產、廠房及設備、投資性不動產有無提供擔保質押、或受有限制等情事，有則已否列註。
（四）查明不動產、廠房及設備、使用權資產、投資性不動產及無形資產入帳基礎是否適當。
（五）查明不動產、廠房及設備、使用權資產、投資性不動產及無形資產，是否依現行法令規定及以合理而有系統之方法，提列折舊、折耗及攤銷，不動產、廠房及設備之各項組成若屬重大，應單獨提列折舊，並查明其金額是否適當。被重置及替換部分之帳面金額，查明是否已予以除列。
（六）定期檢視不動產、廠房及設備、使用權資產、投資性不動產及無形資產之資本化政策、折舊、折耗及攤銷方法、年限與殘值是否與上期一致反映其經濟實質。如有變更，查明是否合理及其會計處理是否適當，以及是否已依其性質以會計原則變動或會計估計變動之方式。若有認列資產減損或減損迴轉者，查明是否以認列資產減損或減損迴轉後之金額計算折舊及折耗費用。
（七）查明不動產、廠房及設備、投資性不動產，如符合待出售資產者，是否已適當重分類。
（八）查明本期不動產、廠房及設備、投資性不動產之有關支出，以確定其究竟應屬資本支出或費用支出及其會計處理是否適當。
（九）查明購建中之不動產、廠房及設備、投資性不動產，其借款成本資本化之會計處理是否適當。
（十）預付土地、設備款如有鉅額增減變動者，應查明其合理性。
十、其他非流動資產：
（一）查明原始憑證以確定入帳金額之合理性。
（二）如有其他非流動資產須攤銷者，查明其攤銷方法之合理性及與上期是否一致。
（三）歷久未清之款項，若無法向債務人證實或收回無望者，查明已否沖銷或提足備抵損失。
（四）查明其他非流動資產中金額重大者，已否單獨列示。
（五）保管品金額重大或性質特殊者，應會同保管人員實地盤點，並向寄存者函證確認。
（六）查明存出保證金之性質及其合理、必要性。
（七）查明是否有跡象顯示資產可能發生減損，若有，應查明該資產之估計可回收金額是否適當。另應查明資產於減損損失迴轉後之帳面價值，是否未超過資產在未認列減損損失之情況下，減除應提列折舊或攤銷後之帳面價值。
十一、借款：
十二、透過損益按公允價值衡量、避險及按攤銷後成本衡量等金融負債（以下簡稱金融負債）：
十三、應付票據與應付帳款及進貨：
十四、租賃負債、應付費用及其他應付款項：
十五、合約負債及預收款項：
十六、應付公司債：
十七、其他非流動負債：
十八、權益：
十九、負債準備、或有事項及承諾：
二十、營業費用：

會計師查核簽證財務報表，得依審計準則320號運用重大性觀念，考量重大性及查核風險，或按組織與行業特性及有關法令規定，酌行增減查核程序，並應就增減之查核程序於查核書面紀錄敘明理由。