本辦法獎金分配方式如下：
一、同一案件有二人以上檢舉而應給與獎金者，由主管機關依所檢舉事證及資料對查獲違法案件之貢獻程度，審核獎金額度。
二、同一案件依行政院金融監督管理委員會受理民眾檢舉金融違法案件獎勵要點、臺灣證券交易所股份有限公司證券市場不法案件檢舉獎勵辦法或財團法人中華民國證券櫃檯買賣中心證券市場不法案件檢舉獎勵辦法另有獎勵者，應予合併計算，其超過本辦法所定最高標準部分，不予核發。