本館掌理下列事項：
一、海洋科學、海洋科技與海洋生態相關文物、標本與資料之蒐集、製作、典藏、研究、實驗及鑑定。
二、海洋科學、科技、生態等教育之研究、企劃、推廣與輔導，及其出版品之編纂及發行。
三、海洋科技應用之展示規劃、設計與研究、產學研究合作推廣及交流。
四、本館館務發展與營運規劃、民間參與相關業務及館區各項公共設施規劃、建設、維護及管理。
五、其他有關海洋科學、科技及生態事項。