申評會或調查小組進行調查時，應依下列規定辦理：
一、申訴人、學校相關人員及受邀協助調查之人或單位，應配合調查並提供相關資料。
二、衡酌申訴人與學校相關人員之權力差距；申訴人與學校相關人員有權力不對等之情形者，應避免其對質。
三、就學生之姓名及其他足以辨識身分之資料，應予保密。但有調查之必要或基於公共安全考量者，不在此限。
四、依第一款規定通知申訴人及學校相關人員配合調查及提供資料時，應以書面為之，並記載調查目的、時間、地點及不到場所生之效果。
五、申訴人無正當理由拒絕配合調查，經通知屆期仍拒絕配合調查者，申評會得不待申訴人陳述，逕行作成評議決定。

申評會依職權調查證據者，應於評議決定書載明。