本部設下列司、處：
一、綜合規劃司，分六科辦事。
二、高等教育司，分五科辦事。
三、技術及職業教育司，分四科辦事。
四、終身教育司，分四科辦事。
五、國際及兩岸教育司，分六科辦事。
六、師資培育及藝術教育司，分四科辦事。
七、資訊及科技教育司，分七科辦事。
八、學生事務及特殊教育司，分六科辦事。
九、秘書處，分五科辦事。
十、人事處，分五科辦事。
十一、政風處，分二科辦事。
十二、會計處，分四科辦事。
十三、統計處，分二科辦事。
十四、法制處，分三科辦事。