本院設下列中心及室：
一、教育制度及政策研究中心。
二、課程及教學研究中心。
三、測驗及評量研究中心。
四、語文教育及編譯研究中心。
五、教科書研究中心。
六、教育資源及出版中心。
七、綜合規劃室。
八、秘書室。
九、人事室。
十、主計室。
十一、教育人力發展中心。
十二、原住民族教育研究中心。