本署設下列組、室：
一、高級中等教育組，分五科辦事。
二、國中小教育組，分三科辦事。
三、學前教育組，分三科辦事。
四、原民特教組，分三科辦事。
五、學務校安組，分五科辦事。
六、秘書室，分三科辦事。
七、人事室，分二科辦事。
八、政風室。
九、主計室，分二科辦事。