本會為應業務需要得設下列常設性任務編組；其內部組設及主管權責另以設置要點定之：
一、科技辦公室：辦理國家中長程科技發展政策、整體科技資源統籌分配之規劃、整合協調跨部會重大政策方案及籌辦重大科技策略會議等業務，置執行秘書一人、副執行秘書一人或二人，由適當人員擔任。
二、法規會：辦理法制及訴願業務，置執行秘書一人，由適當人員擔任。