本會設下列處：
一、綜合規劃處，分五科辦事。
二、自然科學及永續研究發展處，分三科辦事。
三、工程技術研究發展處，分四科辦事。
四、生命科學研究發展處，分三科辦事。
五、人文及社會科學研究發展處，分四科辦事。
六、科教發展及國際合作處，分四科辦事。
七、前瞻及應用科技處，分四科辦事。
八、產學及園區業務處，分四科辦事。
九、秘書處，分五科辦事。
十、人事處，分二科辦事。
十一、政風處。
十二、主計處，分三科辦事。
十三、資訊處，分二科辦事。