本館設下列組、室、中心：
一、綜合規劃組。
二、展示教育組。
三、典藏研究及檔案中心。
四、人事室。
五、主計室。
六、白色恐怖綠島紀念園區管理中心。
七、白色恐怖景美紀念園區管理中心。