學校主管機關應定期查核專案輔導學校辦學狀況、改善計畫執行及改善目標達成情形；專案輔導學校於專案輔導期間內，經自行評估辦學狀況、改善計畫執行及改善目標達成情形，亦得主動申請學校主管機關查核，並以一次為限。

前項學校主管機關查核結果，確認專案輔導學校已無本條例第六條第一項情形者，得提審議會審議；經審議會審議認定已無本條例第六條第一項情形者，應書面通知該校予以免除列為專案輔導學校，並公告及刊登於第六條第二項之資訊網站。