本基金為預算法第四條第一項第二款所定之特種基金，編製附屬單位預算，下設各分院作業基金，編製附屬單位預算之分預算。

本基金以教育部為主管機關，國立臺灣大學醫學院附設醫院為管理機關；所屬各分院作業基金以各分院為管理機關。