校務基金有關年度預算編製及執行、決算編造，應依預算法、會計法、決算法、審計法及其相關法令規定辦理。但校務基金來源為第三條第一項第二款所定自籌收入，不在此限。

國立大學校院應針對前項自籌收入自行訂定收支管理規定，並依第九條第二項所定辦法，受教育部之監督。