宗教研修學院依其設立程序，分類如下：
一、由學校財團法人（以下簡稱學校法人）或財團法人私立學校報經本部許可設立者。
二、由內政部或直轄市、縣（市）主管機關（以下簡稱宗教主管機關）許可設立並向法院登記具宗教性質之財團法人或公益社團法人（以下簡稱宗教法人），報經本部許可設立者。

前項第二款所稱直轄市、縣（市）主管機關，在直轄市，按其設立依據分別為直轄市政府民政局或社會局，在縣（市），為縣（市）政府。