學校辦理特色招生考試分發、高級中等學校專業群、科辦理特色招生甄選入學之申請及審核程序如下：
一、就學區之直轄市、縣（市）主管機關應會商區內學校各該主管機關，依中央主管機關所定應遵行事項，訂定該區特色招生核定作業要點，提直轄市、縣（市）教育審議委員會審議通過，並經中央主管機關備查後公告實施；就學區涉及二以上直轄市、縣（市）者，應自行協商其中之一為主政機關，會商訂定該區特色招生核定作業要點。
二、學校以班（群、科、組）為規劃單位，向各該主管機關提出申請辦理特色招生；申請辦理考試分發入學及高級中等學校專業群、科特色招生甄選入學者，並應擬具計畫書，其計畫書內容應包括採特色招生之目標與理由、自我評估、課程規劃、師資條件、教學資源、辦理方式、學生輔導方式、編班方式、招生比率、學生表現、學校評鑑及預期成果。
三、主政機關應邀集區內學校各該主管機關共同成立審查會，審查前款計畫書，其委員應包括家長、教師、學校、國民中學與各該主管機關代表及學者專家等，並應遵守利益迴避原則。
四、直轄市、縣（市）主管機關應於辦理招生前一年九月三十日前，將前款審查結果與經各該主管機關核定之辦理特色招生之學校及招生名額，報中央主管機關備查後公告。
五、直轄市、縣（市）主管機關依第一款規定訂定特色招生核定作業要點報備查時，中央主管機關認有違反本辦法或第一款應遵行事項之規定，經函請其限期修正者，直轄市、縣（市）主管機關應儘速修正後，報中央主管機關備查。

學校經核定辦理特色招生者，其以後學年度申請繼續辦理時，得經各該主管機關核准，免提前項第二款計畫書；其得免提計畫書之學年度，不得超過二年。