經許可辦理實驗教育之學校違反本條例或實驗教育計畫、經實驗教育評鑑結果為待改善或不通過或有影響學生權益之情事時，本部應採取下列全部或部分措施：
一、輔導。
二、糾正。
三、限期整頓改善。
四、停止招生或減少招生人數。
五、停辦實驗教育計畫。

本部對學校採取前項第四款、第五款之措施或廢止原指定前，應先提經實驗教育審議會審議通過，並對就讀學生採取必要之補救措施。

學校經本部命停辦實驗教育計畫後，應恢復原有辦學型態，並於本部指定期限內，依前條第二項及第三項規定擬具計畫書報本部。