大陸地區臺商學校置校長一人，由董事會遴選符合法律規定資格之臺灣地區人民，依各該法律規定聘任之；校長出缺時，董事會應於六個月內另行遴選，依各該法律規定聘任之；新任校長未選聘完成前，由董事會指定人員代理校長，代理校長應由臺灣地區人民擔任。

前項學校合併設置不同層級教育階段或變更層級時，校長應由具較高層級校長之任用資格者或由具所變更層級校長之任用資格者擔任之。但有特殊情形報本部核准者，不在此限。