中途學校行政組織之設置如下：
一、教務處：設教學、資訊、設備等組。
二、學生事務處：設訓育、生活教育、衛生、住宿等組。
三、總務處：設文書、事務、出納等組。
四、輔導處（室）：設輔導、特教等組。

前項處（室）或組之設置，得由各中途學校視實際需要，整合其功能並調整其名稱；其最高設置基準如下：
一、五班以下或經直轄市、縣（市）主管機關核定安置人數（以下簡稱核定安置人數）未達五十人：設三處（室）及七組。
二、六班以上或核定安置人數五十人以上：設四處（室）及九組。

前二項各行政組織之設置及掌理事項，由直轄市、縣（市）主管機關定之。