申評會或調查小組進行調查時，應依下列規定辦理：
一、申訴人或特殊教育學校相關人員、受邀協助調查之人或單位，應配合調查並提供相關資料。
二、衡酌申訴人與特殊教育學校相關人員之權力差距；申訴人與學校相關人員有權力不對等之情形者，應避免其對質。
三、就學生之姓名及其他足以辨識身分之資料，應予保密。但有調查之必要或基於公共安全考量者，不在此限。
四、依第一款規定通知申訴人配合調查及提供資料時，應以書面為之，並記載調查目的、時間、地點及不到場所生之效果。
五、申訴人無正當理由拒絕配合調查，經通知屆期仍拒絕配合調查者，申評會得不待申訴人陳述，逕行作成評議決定。
六、調查小組應於組成後十五日內完成調查；必要時，得予延長，延長期間不得逾十日，並應通知申訴人。
七、申評會或調查小組之調查，不受該事件司法程序進行之影響。

調查小組調查完成後，應製作調查報告，提申評會審議；審議時，申評會得要求調查小組推派代表列席說明。