本補助之申請及審查程序如下：
一、本部於當年度確定次一年度補助項目後，按各該補助項目性質訂定審查基準，通知直轄市、縣（市）主管機關於一定期限內擬具計畫，提出申請。
二、本部邀集相關機關及人員，會同審查前款計畫。
三、本部依審查結果，核定次一年度補助計畫，酌予補助，並得視實際需要，限定其支用範圍、用途或應優先辦理之施政項目及內容。

前項第一款所定審查基準，應包括審核各直轄市、縣（市）主管機關有無就申請計畫完成先期規劃與效益評估作業及所有應行配合辦理事項。