全運會會長由行政院院長擔任；副會長由本部部長及承辦單位首長分別擔任。

全運會得視實際需要，聘請地方政府與相關機關首長、中華奧會主席、全國性體育團體會長、理事長及專家學者，擔任顧問、技術顧問或指導委員。