全中運由教育部（以下簡稱本部）統籌規劃，直轄市、縣（市）政府（以下簡稱地方政府）承辦為原則，並得由其他地方政府、機關、團體協辦。

本部應自行或委託國際學校體育總會（International School SportFederation,I.S.F.）認可之中華民國高級中等學校體育總會（以下簡稱高中體總），依本準則規定及相關國際規範，組成全中運組織委員會（以下簡稱組委會），辦理全中運規劃、籌辦及執行之輔導事宜，並主導籌辦工作之運動競賽及運動禁藥管制事宜。

組委會設置之單位及其任務如下：
一、輔導小組：全中運籌辦事務之輔導。
二、運動競賽小組：全中運競賽事務之審理。
三、運動禁藥管制小組：全中運運動禁藥管制之執行。

組委會組織章程、工作規範及輔導小組與運動競賽小組組織簡則、工作規範，由本部定之或委由高中體總擬訂，報本部核定；運動禁藥管制小組組織簡則及工作規範，由組委會擬訂，報本部核定。