園區事業以電腦連線及電子資料傳輸方式使用科學園區通關系統向管理局或海關申請辦理有關輸出入貨品時，其所傳輸之資料或檢送之文件及表報，內容均應確實，如有疏誤，應於規定時限內申請更正。

經管理局核准使用科學園區通關系統之園區事業，得委託經管理局核准入區作業之報關業代為申辦科學園區通關系統作業。

使用科學園區通關系統之園區事業，應與通關自動化相關業務單位分別訂立契約同意以電子文件方式扣繳相關各項費用。

前項相關業務單位，為應園區事業之需要，應繕製各項有關單據說明，交園區事業持用。

園區事業以電子文件通關時，應依據發票、提單等有關文件申報。