本中心經費來源如下：
一、創立基金之孳息。
二、政府補助加速器及其周邊實驗設施運轉維護之經費。
三、政府補助專案研究計畫之經費。
四、受託研究及提供服務之收入。
五、國內、外公、私立機構、團體或個人之捐贈。
六、其他有關收入。