本院設董事會，置董事十一人至十七人，均由行政院院長就下列人員遴聘之，並以其中一人為董事長：
一、行政院國家科學委員會主任委員及其他有關機關首長。
二、國內、外富有研究經驗之科學技術有關專家、學者。

董事任期三年，期滿得續聘之；依前項第一款遴聘之董事人數不得超過董事總數三分之一，並依職位任免改聘；依前項第二款遴聘之董事任滿前出缺者，由行政院院長補聘之；其聘期至補滿原任者之任期為止。