民間園區併入科學園區後，有下列情事之一者，本會得依促進民間參與公共建設法第五十二條、第五十三條規定處理：
一、自併入科學園區之日起二年內，未申請建築執照。
二、未依核定通過之申請計畫執行，且情節重大。
三、未依本條例及其施行細則規定辦理，且情節重大。
四、其他重大情事，有損害重大公共利益或造成緊急危難之虞。