南院處掌理事項如下：
一、南部院區文物之典藏、管理、研究、出版及展覽。
二、南部院區文物之保存、維護及徵集。
三、南部院區教育推廣活動與觀眾服務之規劃、執行及志工訓練管理。
四、南部院區安全防護與災害防救、安全管制設施業務之規劃、執行及管理。
五、南部院區整體營運、行政管理與營繕工程之規劃及執行。
六、其他有關南部院區事項。