秘書處掌理事項如下：
一、印信典守及文書、檔案之管理。
二、出納、財物、營繕、採購及其他事務管理。
三、本部及所屬機關辦公廳、宿舍等不動產之取得及管理配置。
四、本部及所屬機關辦公廳、宿舍新建、擴建、遷建等營繕工程之審查、協調及督導。
五、本部所屬機關辦公廳、宿舍、檔案、財產、車輛管理之督導考核及工程施工查核。
六、工友（含技工、駕駛）之管理。
七、本部災害防救之聯繫及安全防護。
八、其他庶務、財物、工程及相關事項。