書記處設紀錄科、執行科、文書科、研究考核科、總務科、資料科及訴訟輔導科。各科置科長一人，負責指揮監督各該科事務。其事務較簡者，得不分科或併科辦事。執行科及直轄市地方檢察署書記處各科業務較繁者，得分股辦事。

前項科長或薦任股長由檢察長層報法務部就所屬薦任書記官派兼之。委任股長由檢察長報請高等檢察署就所屬委任書記官派兼之。

福建金門地方檢察署委任股長，依法務部授權之規定，由檢察署就所屬委任書記官派兼之。