本局設下列處、室、委員會：
一、國家安全維護處，分四科辦事。
二、廉政處，分五科辦事。
三、經濟犯罪防制處，分四科辦事。
四、毒品防制處，分三科辦事。
五、洗錢防制處，分三科辦事。
六、資通安全處，分五科辦事。
七、國內安全調查處，分四科辦事。
八、保防處，分四科辦事。
九、國際事務處，分五科辦事。
十、兩岸情勢研析處，分四科辦事。
十一、諮詢業務處，分四科辦事。
十二、鑑識科學處，分五科辦事。
十三、通訊監察處，分四科辦事。
十四、督察處，分二科辦事。
十五、總務處，分五科辦事。
十六、公共事務室，分二科辦事。
十七、秘書室，分二科辦事。
十八、人事室，分三科辦事。
十九、會計室，分三科辦事。
二十、政風室，分二科辦事。