本署設下列組、室：
一、綜合規劃組，分三科辦事。
二、教化輔導組，分三科辦事。
三、安全督導組，分三科辦事。
四、後勤資源組，分三科辦事。
五、矯正醫療組，分三科辦事。
六、秘書室。
七、人事室。
八、政風室。
九、會計室。
十、統計室。