本署設下列組、室：
一、綜合規劃組，分三科辦事。
二、防貪組，分三科辦事。
三、肅貪組，分四科辦事。
四、政風業務組，分三科辦事。
五、秘書室，分二科辦事。
六、人事室。
七、主計室。
八、北部地區調查組，分四科辦事。
九、中部地區調查組，分三科辦事。
十、南部地區調查組，分三科辦事。