國家機密之保管方式如下：
一、國家機密應保管於辦公處所；其有攜離必要者，須經機關首長或其授權之主管人員核准。
二、國家機密檔案應與非國家機密檔案隔離，依機密等級分別保管。
三、國家機密應存放於保險箱或其他具安全防護功能之金屬箱櫃，並裝置密鎖。
四、國家機密為電子資料檔案者，應以儲存於磁（光）碟帶、片方式，依前三款規定保管；其直接儲存於資訊系統者，須將資料以政府權責主管機關認可之加密技術處理，該資訊系統並不得與外界連線。