本署視實際業務需要，得於重要地區及河川流域設各區水資源局及各河川局；其組織另以法律定之。

本署為辦理水利事業之調查、試驗、研究及規劃事項，得設水利規劃試驗所；其組織另以法律定之。

本署為辦理臺北水源特定區之水庫集水區保育、治理及管理工作，得設臺北水源特定區管理局；其組織另以法律定之。

本署為統籌經營管理重要流域內之水資源涵養、開發利用、水害防治及保育工作，得設流域管理機關；其組織另以法律定之。