本局置秘書一人，正工程司十一人，職務均列薦任第八職等至第九職等；課長五人，由正工程司兼任；副工程司六人，專員一人，職務均列薦任第七職等至第八職等；工程員二十六人，課員五人，職務均列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等；辦事員四人，職務列委任第三職等至第五職等；書記一人，職務列委任第一職等至第三職等。

本條例施行前，原臺北水源特定區管理委員會原依雇員管理規則僱用之現職雇員，其未具公務人員任用資格者，得占用前項書記職缺，繼續僱用至離職時為止。