本署設下列組、室：
一、政策規劃組，分三科辦事。
二、公司登記組，分五科辦事。
三、商業環境組，分三科辦事。
四、服務發展組，分六科辦事。
五、秘書室。
六、人事室。
七、政風室。
八、主計室。
九、資訊室。