本署設下列組、室、辦事處：
一、綜合企劃組，分五科辦事。
二、多邊貿易組，分三科辦事。
三、雙邊貿易一組，分四科辦事。
四、雙邊貿易二組，分四科辦事。
五、貿易發展組，分五科辦事。
六、貿易管理組，分五科辦事。
七、秘書室，分二科辦事。
八、人事室。
九、政風室。
十、主計室。
十一、資訊室。
十二、高雄辦事處，分二科辦事。