綜合企劃組掌理事項如下：
一、本署施政計畫之研擬、協調及管考。
二、國內外經貿情勢之分析及相關業務之規劃。
三、貿易法規之制（訂）定、修正及解釋之擬議。
四、貿易處分案件聲明異議之處理、審定後之訴願及行政訴訟答辯。
五、貨品進口救濟案件之調查。
六、反傾銷稅及平衡稅案件之產業損害調查。
七、外國對我國貿易障礙之彙編。
八、其他有關綜合企劃事項。