本署設下列組、室：
一、能源政策及氣候變遷組，分三科辦事。
二、油氣發展及管理組，分四科辦事。
三、電力發展及管理組，分六科辦事。
四、節能發展及管理組，分四科辦事。
五、再生與前瞻能源發展組，分五科辦事。
六、再生能源設置推廣組，分四科辦事。
七、秘書室，分三科辦事。
八、人事室。
九、政風室。
十、主計室。
十一、資訊室。
十二、法務室。