本署設下列組、室：
一、綜合企劃組，分三科辦事。
二、經營輔導組，分三科辦事。
三、新創育成組，分四科辦事。
四、財務發展組，分三科辦事。
五、秘書室。
六、人事室。
七、政風室。
八、主計室。